Nataly S, На основании того, что автор вопроса пишет
Цитата: Заказчик заключает с Организацией договор по оказанию транспортных услуг по рейсу Х, стоимость услуг 12 000,00Организация заключает с непосредственным Перевозчиком договор по оказанию транспортных услуг по тому же рейсу Х, стоимость услуг 9 000,00
Получается их организация заключает договор с грузоотправителем за 12000, а они заказывают машину у перевозчика за 9000.
Цитата: не используем личный автотранспорт и не арендуем его.
Как они могут перевезти груз сами, не используя транспорт и не арендуя его? Значит они нанимают перевозчика для выполнения договора, заключенного с заказчиком-грузоотправителем. А это подходит под договор транспортной экспедиции.
Цитата: Вы отдаете себе отчето последствиях занижения выручки вчетверо, если окажется, что договоры не являются посредническими?
А если окажется посредническим? И вообще речь шла в вопросе про возможность применения ЕНВД.